Mi opinión:
BATERÍAS PROTEGIDAS:
-Llevan añadido un circuito de protección (PCB) que limita tensión/corriente, protegiendo contra sobre-carga y sobre-descarga (incluyendo cortocircuitos).
Inconvenientes:
-El circuito añadido las hace más caras y propensas a fallos
-Cortan la corriente repentinamente al llegar al umbral de tensión, pudiendo dejarte sin luz en el peor momento.
-En algunos casos, por su mayor longitud, no caben en determinadas linternas.
BATERÍAS NO-PROTEGIDAS:
-Al no tener circuito de protección, son más simples, baratas y menos propensas a fallos.
Las baterías no-protegidas (con PCB) de buena calidad y química segura, como las Panasonic, es realmente difícil que deflagren aunque no lleven circuito de protección. Por otro lado, si usamos linternas de calidad, éstas tienen dispositivos para prevenir y avisar de un exceso de descarga; y si usamos cargadores de calidad, idem para el exceso de carga.
Teniendo en cuenta todo esto, para mi gusto y usos, no sólo carece de sentido la protección, sino que puede ser contraproducente. A pesar de ello, a gente inexperta, que no sabe lo que hace y si hay riesgo de cortocircuitar una batería o hacer alguna tontería, sólo en estos casos recomendaría pilas protegidas.
También las recomendaría para linternas multi-batería, porque puede darse el caso de que una de las pilas tenga menor tensión que la otra(s), y se sobre-descargue, porque si están las baterías en serie, no tenemos control sobre el voltaje independiente de cada una y la linterna no nos puede avisar de que una de ellas está a un voltaje crítico.